建筑物由于历史原因或其他原因，在建造之时并未办理相应土地使用权证或建设用地规划许可及建设工程规划许可的，就会存在行政机关查处涉嫌违法建筑的问题。形式上看，是查处有无相应权证与许可证的问题，进一步分析，则对涉及对违反土地规划的查处与违反工程规划的查处。
一个建筑从无到有，一般而言是需要经过报批、审查、批准修建等过程的，涉及对使用权和规划的审批。具体而言，要看是否有权使用土地、土地的使用是否符合规划、建筑本身是否符合建设工程规划。根据司法实践经验，比较高发的涉嫌违法的建筑，主要集中在涉嫌违反土地规划和违反建设工程规划上面。
具体而言，涉及违反土地规划的情况，主要是因建筑物本身未取得相应土地使用权证，或者有土地使用权证但未按权证上标明的土地性质及土地用途使用土地。
例如，在有关主体本身没有取得宅基地使用权证或建设用地使用权证的情况下，在一片土地上建造了住宅或商铺或厂房，此种行为，因有可能占用了农业用地而涉嫌违反《土地管理法》，或者占用了其他权利主体的土地，而涉嫌侵权行为，导致被行政机关立案查处，概况来讲是涉及违法占地问题。
而对于有土地使用权证但未按权证上标明的土地性质及土地用途使用土地，主要法律风险在于是违反了《土地管理法》有关变更土地用途的规定。
而对于无使用权证的问题，对此查处需考虑是否有历史背景原因未办理权证，建筑建造时间、是否符合申请办理使用权证的条件、是否有损其他主体合法权益、是否破坏了农田保护等因素综合考虑，进而采取保留建筑或拆除建筑等措施；对于变更土地性质的行为，则要考虑其背景、目前涉及地块的土地规划现状等因素。查处过程中，为保障调查清楚、证据确凿，程序正当，也应注意保障被查处人的合法权益。
而对于涉嫌违反建设工程规划，主要涉及建筑物本身未办理建设工程规划许可或取得建设工程规划许可但未按相关许可进行建造的情况。关于建筑物本身未办理建设工程规划许可的，则有因涉嫌违反《城乡规划法》而被行政机关查处的问题；而对于取得建设工程规划许可但未按相关许可进行建造的问题，主要针对违反规划的原因和违反规划的程度进行查处，视不同情况采取补办手续、罚款、拆除部分或全部拆除等措施。
此外，涉及违法占地方面的认定，对土地性质、规划用途的判断需要考虑行政机关对于土地利用规划前后是否发生过变化。有的建筑虽然在建造时是农用地，但后续该地块如被划为城市规划区，且作为建设用地用途，则之前在农业用地上建造的房屋，不宜一概认定为违法占地的。而对于取得工程规划许可但未完全按工程规划许可要求建造的建筑，主要并不在于判断土地性质、用途改变与否，而在于根据具体的规划细节规定，判断未按规划建造的部分建筑是否符合规划所控制的建筑密度、用地强度等指标，对于超出指标的部分，有的采取部分拆除措施，对于在指标范围内的能保留的部分，则可在查处中考虑予以保留。这也符合行政法上的比例原则、最小损失原则。